流動注射分析儀的原理是先將液體樣品注入到非間隔連續載流由適當液體構成中注入的樣品形成一個帶，被傳送到檢測器。檢測器連續地記錄由于樣品通過流通池而引起吸光度、電極電位或其他物理量的變化。當流體在流動注射分析儀通道中運動時進行著復雜的物理與化學過程。
由于試樣溶液在嚴格控制的條件下在試劑載流中分散，因而，只要試樣溶液注射方法、在管道中存留時間、溫度和分散過程等條件相同，在非反應平衡狀態下就可以按照標準對比法測定試樣溶液中被測物質的濃度。這是流動注射區別于其它分析方法的一個明顯的特征，也是能獲得較高分析速度的原因。
流動注射分析儀使用方法：
1、開機
將電腦、網絡路由器和儀器檢測通道電源開啟，待電腦操作界面開啟后，雙擊軟件快捷方式或軟件文件夾主程序文件，軟件開啟后，查看所要使用對應方法儀器通道在軟件通道顯示狀態欄中的對應編號是否有顏色顯示，若正常，點擊對應編號，進入使用界面。
2、試劑配制
不同檢測通道請參閱各自的試劑配制及故障排查部分操作規程，注意試劑溶液使用前都需要進行10～15分鐘脫氣處理。
3、管路沖洗
開始樣品檢測之前，需要將進樣針及試劑毛細管放入對應試劑瓶中，將泵管卡好，蠕動泵壓塊放下并扣緊(需要注意定期更換泵管的使用位置，若長時間使用泵管的某一段位置，容易造成泵管局部疲勞)，點擊軟件清洗功能鍵，保持默認轉速35r/min，清洗時間300～600秒(5～10分鐘)，清洗運行中應注意檢查流通池內是否有氣泡，清洗同時可以進行標準系列及樣品設置，及樣品放置。
